Les étudiants, dont le nombre n'a pas été précisé, ont protesté contre les peines de 22 à 30 mois de prison ferme infligées récemment à Ehsan Mansouri, Majid Tavakoli et Ahmad Ghassaban, pour insultes contre l'Islam.
Les manifestants ont brandi des panneaux demandant leur libération, et d'autres où était écrit "mort au dictateur", dans une référence au président ultraconservateur Mahmoud Ahmadinejad.
Ils ont aussi, toujours selon Fars, crié des slogans contre le ministère des Renseignements, et accusé le président d'être "responsable de la corruption dans la société".
Ils se sont aussi frottés aux gardes de l'Université dans de brèves échauffourées, selon l'agence.
Les trois étudiants emprisonnés avaient été innocentés en appel en décembre des accusations d'insultes aux "valeurs religieuses" et envers les "dirigeants de la République". Mais ils n'avaient pas été libérés.
Ils sont détenus depuis mai 2007 pour insulte aux valeurs de l'islam dans des journaux étudiants réformateurs, ce qu'ils ont toujours nié, parlant d'une machination.
Le procureur général de Téhéran, Saïd Mortazavi, devenu célèbre pour avoir fermé de nombreux journaux réformateurs ces dernières années, était intervenu personnellement pour demander un nouveau verdict après le jugement en appel.
La détention des trois jeunes a entraîné de nombreuses manifestations étudiantes.
L'université Amir Kabir de Téhéran est un foyer de contestation étudiante où M. Ahmadinejad a été l'objet de quolibets et de sifflets lors d'un discours à l'automne 2006.